交通运输系始建于 2004 年，办学特色鲜明，是学校重点建设的骨干院系之一。现有全日制在校生1200余人，开设汽车检测与维修技术、汽车智能技术、新能源汽车技术、航空服务等专业，其中航空服务专业（中技层次）通过职教高考形式，考核合格后升入九州职业技术学院相应专业，毕业生由北京大红航空集团安排在民航系统岗位实习及就业。目前获评江苏省现代化专业群一个，省级中小学体验中心一个、市级中小学体验中心两个，拥有省职业教育优质专业一个，市高技能人才专项公共实训基地一个，市职业学校产业学院一个，江苏联合职业技术学院五年制高职现代化学徒制示范点、高水平产业学院各一个。

系部师资力量雄厚，现有“双师型”专业教师26人，其中高级职称15人，以及多名市汽修行业专家、高级考评员。系部拥有实训场地4000平方米，下辖汽车综合实训、发动机实训、电控实训、底盘实训、故障诊断实训、新能源汽车实训、空中乘务实训中心等多个设备齐全先进的实训室，固定资产2000多万元，具备汽车维修中级工、高级工、技师、茶艺师中高级工等技能等级培训与考证资质。